5. rész: A második töltet

Miután Sydney végignézte, ahogy beültetik Patel-ba a bombát, Sydney-t leütik, és ismét menekülni kénytelen. Másnap pedig egy számára ismeretlen helyen ébred. Értesíti Dixon-t Patel műtétjéről, és hogy a férfiban van a bomba. Sydney eközben ellop egy mentőautót, míg Dixon feladata, hogy Patel-t odavigye az autóhoz, hogy kiszedjék belőle a bombát. Közben Jacqnoud is feltűnik, nála van a detonátor, a férfi üldözőbe veszi Sydney-éket, hogy ne kerüljön a bomba hatótávolságán kívülre. Dixon-nak sikerül kiműtenie a bombát, amit kidob az autóból, így a szerkezet éppen az őket üldöző Jacqnoud-t robbantja fel.

Los Angelesben Vaughn felelősségre vonja Sydney-t, mert a nő nem tudta kideríteni, hogy kit is véd az SD-6. Vaughn átadja Sydney-nek Jack aktáját.

Sydney és Dixon új feladata Jeroen Schiller német biotechnikus felkutatása és Amerikába menekítése. A CIA információi szerint az SD-6-nak azért van szüksége Schiller-re, mert a férfi kifejlesztett egy vakcinát, melyet az SD-6 tovább akar adni. A CIA ellenakciója szerint Sydney Berlinből nem az igazi Schillert szállítja az Államokba, hanem a CIA egyik ügynökét, míg az igazi Schiller-t pedig a CIA őrizetbe veszi.

Berlinben Sydney eljut Schiller-hez, és Dixon tudomása nélkül sikerül kicserélnie a két férfit.

Francie Halloween partit rendez, Will pedig elmondja neki, hogy Danny halála ügyében nyomoz. Kiderül, hogy egy Kate Jones nevű nőnek kellett volna a Szingapúrba tartó repülőgépen Danny mellett ülnie.

A CIA rejtekhelyén Schiller akadékoskodik, nem akarja elmondani Vaughn-nak a weboldal kódját, ahova a vakcináról szóló információkat feltöltötte, csak Sloane-nak hajlandó beszélni. A CIA létrehoz egy hamis weboldalt, mely akár hónapokra is lekötheti az SD-6-ot, és a CIA bejuthat a másik ügynökség adatbázisába.

Eközben az SD-6-nál az ál-Schiller elárulja a kódot, és meg is kezdődik az adatok vizsgálata. Sloane nem elégszik meg ennyivel, azt is meg akarja tudni, hogy hol található a gyár ahol a vakcina prototípusa készül. Sloane nem hiszi el a férfinek, hogy ilyen információk nincsenek a birtokában. Sloane kételkedik Sydney akció közbeni döntésében, miszerint másik helyen távozott Berlinben Schiller-rel az épületből a meneküléskor, mint ahogy az a tervben szerepelt.

A Halloween partin Dixon elmondja Sydney-nek, hogy Sloane kérdezősködött, és hogy szerinte Sydney és az ál-Schiller nagy bajban van. Francie el van keseredve, amiért Charlie nem jött el a bulira. Will úgy dönt, feladja a nyomozást Danny halálának ügyében, azonban ekkor kapcsolatba lép vele Kate Jones, és közli vele, hogy nagyon jól ismerte Danny-t.

Sydney beszél Schiller-rel, elmondja neki az igazságot Sloane-ról és az SD-6-ról, Schiller megmondja a nőnek a gyár pontos helyét, ami Badenweiler-ben található. Sydney csak az apja közreműködésével tudja eljuttatni az információt Sloane-hoz, anélkül, hogy ő maga lebukna. Sloane közli Jack-kel, hogy nem bízik Schiller-ben, Jack segítségét kéri, hogy szedjen ki minden információt Schiller-ből.

Sydney és Dixon feladata, hogy megszerezzék a gyárból a vakcina-inhalátort. A CIA utasítás, hogy miközben Dixon a gyárba elhelyezi a bombát, addig Sydney átadja a CIA embereinek a vakcinát, ők pedig kicserélik azt egy másikra. Sydney eközben hatástalanítja a bombát. Sydney tovább érdeklődik Vaughn-nál Jack után, hiszen feltűnt neki, hogy néhány oldal hiányzott Jack aktájából. Vaughn felhívja a figyelmét, hogy egy Kalder nevű férfi is szerepelt az aktákban, aki azonban nem CIA-s, hanem az FBI-nak dolgozott. Sydney szerint az FBI arra gyanakodott, hogy Jack kettősügynök.

Badenweiler-ben az akció a tervek szerint halad. Sydney-nek és Dixon-nak sikerül megszereznie a vakcinát.

Mindeközben Will találkozik Kate Jones-szal, aki elmondja Will-nek, hogy viszonya volt Danny-vel, azonban Will nyomozott a nő után és kiderítette, hogy Kate Jones még 1973-ban meghalt.

Dixon élesíti a bombát, Sydney pedig átadja a vakcinát a CIA ügynökeinek, akik tovább maradnak, hogy adatokat gyűjtsenek. Dixon detonátora nem működik, azonban ekkor elővesz egy másikat, és felrobbantja a gyárat a CIA-ügynökökkel együtt...